La historia de México con la viruela comienza en el año 1520, cuando el virus fue introducido por la conquista española. Esta enfermedad ayudó a la caída de la ciudad de Tenochtitlán, capital del imperio mexica, ya que produjo una gran devastación sobre una comunidad que no estaba preparada para enfrentarla.
El ejército de Pánfilo de Narváez llegó a Veracruz en 1520 con un esclavo, Francisco de Eguía, que estaba enfermo de la viruela. Se considera que este fue el primer caso de la enfermedad en México. Él infectó a una familia indígena y de ahí la viruela se propagó entre la comunidad en Tepeaca, Tlaxcala. Eventualmente llegó a Tenochtitlán.
Pese a que esta es la historia que más circula sobre cómo llegó la enfermedad, la realidad es que no existe una fuente confiable que de testimonio del caso de Eguía. Tampoco se sabe con precisión cuantas personas fallecieron a causa del virus durante la conquista. Algunas fuentes indican que la viruela causó la muerte de un tercio de la población y que inclusive tomó las vidas de varios soldados y del emperador Cuitláhuac en el noviembre de 1520. Ruud van Akkeren añade que este "apenas tenía ochenta días en el poder cuando la viruela lo derribó."
Otras fuentes insisten en la incertidumbre, pues no hubo mecanismos para contar la población en una manera precisa. En Plagues and Peoples, el autor, William McNeil, dice que la población disminuyó en un tercio después de la epidemia.
La lámina 142 del códice de Kingsborougl parece que se hace referencia a la de 1537; al año siguiente hubo otra, tal vez continuación de aquélla; en el período 1544-46 murieron de viruela unos 800.000 naturales; en 1555 se registró otra epidemia y en 1576 sucumbieron en cuatro ciudades solamente—México, Michoacán, Puebla y Oaxaca—unos dos millones de almas.
Durante el siglo XVII las epidemias se suceden con un intervalo de unos dieciséis años; en 1733 ocurrió una epidemia a cuyos destrozos hizo referencia el viajero von Humboldt; ésta fué eclipsada por la de 1769 (también mencionada por Humboldt), que causó, en la ciudad de México solamente, más de 9.000 defunciones. Diez años más tarde, o sea el año 1779, hubo otra epidemia a consecuencia de la cual murieron 44.086 personas, a pesar de los cuidados del virrey Martín Mayorga y del arzobispo Alonso Núñez de Haro.
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A partir de 1922 existen datos de cierta garantía sobre la viruela, en especial sobre las defunciones causadas por ella. en la década 1922-31 el promedio de defunciones por año asciende a 11.347; las tasas máximas por 100.000 habitantes corresponden a los años 1930 y 1931, y son 104,9 y 88,5, respectivamente, y las tasas mínimas son las correspondientes a los años 1926 y 1927, que ascienden, en el mismo orden, a 35,4 y 42,2.
Erradicación de la viruela
El éxito de la vacuna puede atribuirse a los experimentos de Edward Jenner en 1796 y la ayuda de Francisco Javier Balmis en 1803. La iglesia católica usó y recomendó sus instrucciones durante la epidemia de la viruela en México en 1797. El año anterior, en 1796, Jenner desarrolló la vacuna cuando inyectaba a un niño con las secreciones de una mujer que padecía de una enfermedad similar. Después de la inyección, el niño tenía inmunidad. El proceso que Jenner descubrió con su investigación se llama la vacunación. Esta etimología viene de "las vacas" porque estas tenían una viruela muy similar al virus que afectó a los seres humanos.
En 1798, la familia de Carlos IV de España sufrió de la viruela. Ya que el rey quería proteger sus territorios, este envía una expedición médica con la vacuna a las Américas. Francisco Xavier Balmis dirigió el esfuerzo entre 1803 y 1806. Su expedición se considera el comienzo de la erradicación mundial de la viruela. A partir de ahí la vacuna se usaría a lo largo de los siglos XIX y XX. Así fue que erradicó la viruela en México en 1951 y eventualmente todas partes del mundo en 1980.
